MiniMUGA Sample Report - Initial Version |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sample ID | MMRRC_129S(B6)-Stub1tm1Cpat/Mmnc _M26963 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Neogen ID | FR4869 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
MMRRC Strain ID | 37469 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
MMRRC Strain Name | 129S.B6-Stub1tm1Cpat/Mmnc | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
The genotype of this sample is of excellent quality.
It is male and inbred,
and likely a mix of 129S6/SvEvTac and multiple C57BL/6 substrains.
Diagnostic SNPs indicate the presence of the background strain groups 129S. The sample contains the following genetic constructs: Bovine growth hormone poly A signal sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genotyping Quality |
Excellent (7 N calls)
All reported results are dependent on genotyping quality. |
||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Sex | XY | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Inbreeding Estimate | Inbred (6 H calls at autosomal, X, and PAR chromosome markers) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Inbreeding and Genotyping Quality (Plot) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Constructs Detected |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||
Primary Background
(Autosomes, X Chromosome) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary Background
(Autosomes, X Chromosome) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||
Y Chromosome |
Y Haplogroup 6 - 98.4% Consistent
Includes 129S6/SvEvTac and 11 other strains |
||||||||||||||||||||||||||||||||||
MT Chromosome |
MT Haplogroup 6 - 100.0% Consistent
Includes 129S6/SvEvTac and 12 other strains |
||||||||||||||||||||||||||||||||||
Background Ideogram | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Backgrounds Detected
(Diagnostic Alleles) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refined Analysis |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refined Ideogram | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Notes | The report is consistent with the SDS. The mouse is inbred for 129S6/SvEvTac at MiniMUGA resolution level. A small region of C57BL/6 markers are present at the site of the targeted mutation on C17. |