MiniMUGA Sample Report - V2 |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sample ID | MMRRC_B6.Cg-Casz1tm1.1Flc/Mmnc_M23362 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Neogen ID | MU5665 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
MMRRC Strain ID | 41181 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
MMRRC Strain Name | B6.Cg-Casz1tm2(cre/ERT2)Flc/Mmnc | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
The genotype of this sample is of excellent quality.
It is male and close to inbred,
and likely a mix of multiple C57BL/6 substrains and 129P2/OlaHsd.
Diagnostic SNPs indicate the presence of the background strain groups C57BL/6 and the substrains C57BL/6J. The sample contains the following genetic constructs: Bovine growth hormone poly A signal sequence, Cre recombinase, hCMV enhancer version a, hCMV enhancer version b, Internal Ribosome Entry Site, "Reddish" fluorescent protein (tdTomato, mCherry) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genotyping Quality |
Excellent (4 N calls)
All reported results are dependent on genotyping quality. |
||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Sex | XY | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Inbreeding Estimate | Close to Inbred (61 H calls at autosomal, X, and PAR chromosome markers) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Inbreeding and Genotyping Quality (Plot) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Constructs Detected |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||
Primary Background
(Autosomes, X Chromosome) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||
Secondary Background
(Autosomes, X Chromosome) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||
Y Chromosome |
Y Haplogroup 12 - 100.0% Consistent
Includes B6N-Tyr |
||||||||||||||||||||||||||||||||||
MT Chromosome |
MT Haplogroup 1 - 100.0% Consistent
Includes 129P2/OlaHsd, B6N-Tyr |
||||||||||||||||||||||||||||||||||
Background Ideogram | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Backgrounds Detected
(Diagnostic Alleles) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refined Analysis |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refined Ideogram | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Notes | The report is consistent with strain nomenclature and SDS. The presence of bpA, Cre, hCMV_a and b, IRES, and r_FP constructs are detected. |