MiniMUGA Sample Report - V2 |
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Sample ID | MMRRC_UNC_M38180 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Neogen ID | PP8426 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
MMRRC Strain ID | 42299 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
MMRRC Strain Name | 129S;B6-Tg(CAG-H3f3a/EGFP)1Dean/Mmnc | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Summary |
The genotype of this sample is of excellent quality.
It is male and outbred,
and likely a mix of multiple C57BL/6 substrains and FVB/NCrl.
Clustering of unexplained markers is evidence of an additional background strain.
Diagnostic SNPs indicate the presence of the background strain groups C57BL/6 and the substrains B6N-Tyr The sample contains the following genetic constructs: "Greenish" Fluorescent Protein (EGFP, EYFP, ECFP), iCre recombinase, Internal Ribosome Entry Site |
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Genotyping Quality |
Excellent (14 N calls)
All reported results are dependent on genotyping quality. |
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Chromosomal Sex | XY | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Inbreeding Estimate | Outbred (1033 H calls at autosomal, X, and PAR chromosome markers) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Inbreeding and Genotyping Quality (Plot) |
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Constructs Detected |
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Primary Background
(Autosomes, X Chromosome) |
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Secondary Background
(Autosomes, X Chromosome) |
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Y Chromosome |
Y Haplogroup 14 - 100.0% Consistent
Includes C57BL/6J and 10 other strains |
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MT Chromosome |
MT Haplogroup 1 - 100.0% Consistent
Includes B6N-Tyr |
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Background Ideogram | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Backgrounds Detected
(Diagnostic Alleles) |
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Refined Analysis |
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Refined Ideogram | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Notes | The sample is outbred and diagnostic markers indicate the presence of C57BL6N, FVBNCrl, and C57BL/6J. G_GFP, IRES, and iCre constructs are detected. iCre is not expected. |